山东农业大学设有农学院、植物保护学院、资源与环境学院、园艺科学与工程学院、林学院、动物科技学院(动物医学院)、机械与电子工程学院、经济管理学院、食品科学与工程学院、信息科学与工程学院、化学与材料科学学院、生命科学学院、文法学院、外国语学院、水利土木工程学院、体育与艺术学院、国际交流学院、马克思主义学院、继续教育学院和农民学院等20个学院。
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在百余年办学历程中，学校不断传承和弘扬优良文化传统和崇高精神品质，提出了“学用结合、学以实为贵，育人为本、学术至上”的办学理念，形成了“登高必自”的校训，凝练了以“树人、求真、包容、开放”为核心的大学文化，铸就了“爱国爱校、质朴厚德、求真创新、实干奋进”为核心元素的农大精神。
