复旦大学上海医学院始建于1927年，创立时名为国立第四中山大学医学院，是中国创办的第一所国立大学医学院。1928年5月更名为国立中央大学医学院，1932年独立为国立上海医学院，为当时中国唯一的国立医学院。1939年，抗战爆发后，学院内迁至云南昆明；1940年辗转迁至四川重庆。1946年，抗战胜利，学院迁回上海。1952年，更名为上海第一医学院。1959年，被定为全国16所重点高等学府之一。1985年，更名为上海医科大学。   2000年，上海医科大学和复旦大学合并办学，组建成为新的复旦大学。2012年，新的上海医学院成立，作为复旦大学党政的派出机构，根据学校的授权，在大医口的人才培养、科学研究、学科建设、发展规划、资源配置、对外交流等方面，行使相对独立的管理权限。2018年12月21日，教育部、国家卫生健康委员会、上海市人民政府正式签约，在保持体制不变的原则上，共建托管复旦大学上海医学院及其直属附属医院。2019年6月14日，复旦大学上海医学院高水平地方高校试点建设正式启动。   据2019年12月学院官网显示，学院有直属院系所9个，附属医院17所（含筹）。设有本科专业9个，高职专业1个。有博士学位授予权的一级学科9个，设有博士后科研流动站8个。有博士研究生2487人，硕士研究生2 637人，普通本科生3810人，专科生279人。有一级学科国家重点学科3个，二级学科国家重点学科12个。有国家重点实验室1个，教育部重点实验室5个，国家卫健委重点实验室9个，上海市重点实验室9个。